Шарло се враќа во Македонија во време кога поради честите провали во редовите на Комунистичката партија во Македонија, партиската организација во Македонија е значително ослабната. Поради тоа врз основа на договор помеѓу КПЈ и Коминтерната, во пролетта 1940 година Шарло преминува во членство на КПЈ и на Првата партиска конференција за Македонија одржана на 8 септември е избран за политички секретар на ПК КПЈ за Македонија. Учесник е на Петтата земска конференција на КПЈ во октомври 1940 година во Загреб, на која е избран за член на ЦК КПЈ. На оваа конференција Шарло остава забележителен впечаток со својата дискусија против српската колонизација на Македонија.
Неполн месец по окупацијата на Македонија од страна на Бугарија во април 1941 година, Шарло го упатува своето „Писмо до Стојана" во кое го истакнува ставот дека Македонија не е ослободена од страна на бугарските војски, туку дека една туѓа власт е заменета со друга туѓа власт и дека народот всушност не ја добил својата слобода. Набрзо потоа, согласно тогашната политика на СССР и Коминтерната,[1] ја приклучува Комунистичката партија во Македонија кон Бугарската комунистичка партија, но се противи на нејзината организациска поделба на два обласни комитети (Скопски и Битолски), аналогно на окупаторската административна поделба, и бара од БКП партиската организација во Пиринска Македонија да ја припои кон партиската организација во Вардарска Македонија.[2]
По формирањето на Покраинската воена комисија во јуни 1941 година, Шарло застанува на нејзино чело. Под негово раководство Воената комисија одржала три состаноци. На првите два е донесена одлука за формирање диверзански групи и за акциите што треба да се организираат, а на третиот (во втората половина на август) е донесена одлука за формирање партизански одреди.[3]
На 17 август, Шарло свика и одржа партиско советување во Скопје, на кое присуствуваа секретари на месните комитети во Македонија под бугарската управа. На советувањето, по покана од Шарло, присуствува и Петар Богданов, член на ЦК на Бугарската работничка партија (комунисти), а не е поканет Драган Павловиќ, делегат на ЦК на КПЈ, кој на 17 август бил присутен во Скопје со цел да присуствува на ова советување.[4] Бане Андреев, учесник на советувањето, го соопштува следното: „Шарло го отвори советувањето и констатира дека од цела Македонија присуствуваат делегати, освен од партиските организации под италијанска окупација. Сите го потврдија ставот на Шарло и на Бугарската работничка партија, се изјаснија против ставот на Комунистичката партија на Југославија и осудата (од ЦК на КПЈ з.м.) против Шарло.[5] По завршената дискусија и завршниот збор, била поднесена резолуција од страна на Шарло со која му се дава доверба, се одобрува неговата досегашна политика и работа, се одобрува политиката на Покраинскиот комитет под неговото раководство, како и приклучување на македонската партиска организација на Бугарската работничка партија (комунисти). Сите присутни делегати гласале за Шарловата политика со што ја одобриле неговата политика, со исклучок на Перо Георгиевски - Чича.
Во врска со одлуката да не се собира оружјето, Вера Ацева тврди: Директивата да не се собира оружје на Месниот комитет на Прилеп ја пренесе Киро Петрески-Димуш. Наместо да се собира оружјето што беше расфрлено на сите страни од старата југословенска војска, оружјето му се препушти на окупаторот.[6] Дека Шарло дал усна директива да не се собира оружје, покрај Вера Ацева, го тврди и ЦК на БРП (к) во писмото до ЦК на КПЈ, испратено кон крајот на август 1941 година. Во ова писмо, меѓу другото, се наведува следното: „Согласни сме дека другарот Стари (Шарло, з.м.) направи груби политички и организациони грешки (предавање на оружје, советска Македонија, непартиско однесување спрема Југославија), за кое го осудуваме и за кое заслужува казна."[7]
Незадоволство предизвикува и истакнувањето на паролата за Советска Македонија од страна на Шарло, која била спротивна на тогашната ориентација кон народни фронтови на комунистичките партии и која се сметала за секташки ориентирана.
Припојувањето на организацијата за Вардарска Македонија кон БКП наидува на осуда кај раководството на КПЈ, кое реагира во врска со тоа кај Коминтерната и го исклучува Шарло од членство на КПЈ. Во втората половина на август 1941 година Коминтерната зазема став во прилог на КПЈ, по што Комунистичката партија во Македонија е вратена во составот на КПЈ, а Шарло дава оставка на функцијата политички секретар на Покраинскиот комитет и пишува писмо до Централниот комитет на КПЈ во кое моли да оди во Скопскиот партизански одред.[8] Од ЦК КПЈ не добива позитивен одговор по што на 11 септември[9] Шарло го напушта Скопје и оди во Софиjа, каде што се става на располагање на ЦК БКП.
Враќање во Бугарија и загинување
Во Бугарија, во јануари 1942 година Шарло станува секретар на Софискиот окружен комитет на ЦК БКП. До 1944 година извршува разни задачи во рамките на бугарското антифашистичко движење, при што меѓу другото е политички комесар на Третата оперативна зона со средиште во Пазарџик.
На 4 септември 1944 година, само неколку дена пред ослободувањето на Бугарија од страна на Црвената Армија, при една акција на бугарската војска против партизаните, во фазата на повлекување пред непријателот, Шарло загинува под неразјаснети околности во месноста Милеви Скали кај Пазарџик. Според официјалната верзија, Шарло е убиен од непријателски оган, но подоцнежните истраги посочуваат на моменти кои се во спротивност со првобитната верзија. Имено, се знае дека Шарло бил во судир со Љубен Гумнаров и е можно неговото убиство да било испланирано од негова страна, па дури и со знаење на раководството на БКП. Меѓу верзиите што кружат е и таа дека Шарло е убиен со цел да се одоброволи југословенското комунистичко раководство на чело со Јосип Броз Тито.
Шаторов е погребан во Пазарџик, каде што му е подигнат споменик и каде што и денес се наоѓа неговиот гроб.
Значењето на Шарло
Како една од водечките личности на ВМРО (Обединета), а потоа и како водач на комунистичкото движење во Македонија, Шарло се залагал за самостојна и обединета држава на македонскиот народ. Покрај тоа, во архивите на некогашната Коминтерна се откриени документи според кои Методија Шаторов постојано се изјаснувал како Македонец. Тој се смета уште за еден од најзаслужните за тоа што Коминтерната и Бугарската комунистичка партија го признале постоењето на македонскиот народ.[се бара извор]
Постојат и други ставови. Вера Ацева, на линија на официјалната историографија во времето на комунизмот, во 1973 година го тврди следното: „Прво, другари, ако се чита писмото на Методија Шаторов-Шарло, напишано по распуштањето на Покраинскиот комитет и неговото сменување од секретар на ПК на КПЈ на Македонија ќе се види дека тој во душата е Бугарин. Целото негово дејствување преку летото 1941 година, како секретар на ПК, беше подредено на тоа Македонија да биде составен дел на Бугарија. Јас лично го познавам, сум работела со него, сум била член на ПК, па според тоа, можам повеќе и да судам."[10]
Поради неговите автономистички и македонски заложби кои беа во спротивност со југословенската идеја, застапувана од македонското политичко раководство, Шарло за време на комунистичкиот режим беше оцрнуван како предавник на македонскиот народ и саботер на неговата борба за ослободување.
Рехабилитацијата на Шарло започнува по падот на комунизмот, а значителен придонес во таа насока дава научниот собир посветен на Шарло, а организиран од МАНУ во ноември 2005 година.
